Tromboz oluştuktan sonra fibrinolitik sistemin ve kan akışı şokunun ve vücudun yenilenmesinin etkisi altında yapısı değişir.

Bir trombüste 3 ana tip son değişiklik vardır:

1. Yumuşatın, çözün, emdirin

Trombüs oluştuktan sonra içindeki fibrin büyük miktarda plazmini emer, böylece trombüs içindeki fibrin çözünür bir polipeptit haline gelir ve çözülür ve trombüs yumuşar.Aynı zamanda trombüs içindeki nötrofiller parçalanıp proteolitik enzimler salgıladıkları için trombüs de çözülüp yumuşatılabilir.

Küçük trombüs eriyip sıvılaşır ve iz bırakmadan tamamen emilebilir veya kan dolaşımı tarafından yıkanıp gider.

Trombüsün büyük kısmı yumuşar ve kan akışıyla kolaylıkla düşerek emboli haline gelir.Emboli, kan akışıyla ilgili kan damarını bloke eder, bu da emboliye neden olabilir, geri kalan kısım ise düzenlenir.

2. Mekanizasyon ve Yeniden Kanalizasyon

Daha büyük trombüslerin tamamen çözülmesi ve emilmesi kolay değildir.Genellikle trombüs oluşumundan sonraki 2 ila 3 gün içinde, trombüsün bağlandığı hasarlı damar intimasından granülasyon dokusu büyür ve yavaş yavaş trombüsün yerini alır, buna trombüs organizasyonu denir.
Trombüs organize olduğunda, trombüs büzülür veya kısmen çözülür ve sıklıkla trombüs içinde veya trombüs ile damar duvarı arasında bir çatlak oluşur ve yüzey, çoğalan vasküler endotelyal hücreler ve son olarak bir veya daha fazla küçük kan damarı ile kaplanır. Orijinal kan damarı ile iletişim kuran damarlar oluşur.Kan akışının rekanalizasyonuna trombüsün rekanalizasyonu denir.

3. Kireçlenme

Tamamen çözülemeyen veya organize edilemeyen az sayıda trombüs, kalsiyum tuzları tarafından çökeltilebilir ve kalsifiye edilebilir ve kan damarlarında bulunan, flebolitler veya arteriyolitler adı verilen sert taşlar oluşturabilir.