Po vzniku trombózy sa mení jej štruktúra pôsobením fibrinolytického systému a prietokovým šokom a regeneráciou organizmu.

Existujú 3 hlavné typy konečných zmien v trombe:

1. Zmäkčiť, rozpustiť, absorbovať

Po vytvorení trombu fibrín v ňom absorbuje veľké množstvo plazmínu, takže fibrín v trombe sa stane rozpustným polypeptidom a rozpustí sa a trombus zmäkne.Súčasne, pretože sa neutrofily v trombe rozpadajú a uvoľňujú proteolytické enzýmy, trombus sa môže tiež rozpustiť a zmäknúť.

Malý trombus sa rozpúšťa a skvapalňuje a môže byť úplne absorbovaný alebo odplavený krvným obehom bez zanechania stopy.

Väčšia časť trombu je zmäkčená a prietokom krvi ľahko odpadáva a stáva sa embóliou.Embólia blokujú zodpovedajúcu krvnú cievu s prietokom krvi, čo môže spôsobiť embóliu, zatiaľ čo zvyšná časť je organizovaná.

2. Mechanizácia a rekanalizácia

Väčšie tromby nie je ľahké rozpustiť a úplne absorbovať.Zvyčajne do 2 až 3 dní po vytvorení trombu vyrastie granulačné tkanivo z poškodenej cievnej intimy, kde je trombus pripojený, a postupne trombus nahradí, čo sa nazýva organizácia trombu.
Keď je trombus organizovaný, trombus sa zmršťuje alebo čiastočne rozpúšťa a vo vnútri trombu alebo medzi trombom a stenou cievy sa často vytvorí trhlina a povrch je pokrytý proliferujúcimi vaskulárnymi endotelovými bunkami a nakoniec jednou alebo niekoľkými malými krvnými cievami ktoré komunikujú s pôvodnou krvnou cievou.Rekanalizácia prietoku krvi sa nazýva rekanalizácia trombu.

3. Kalcifikácia

Malý počet trombov, ktoré sa nedajú úplne rozpustiť alebo usporiadať, sa môže vyzrážať a kalcifikovať vápenatými soľami, čím sa v krvných cievach vytvoria tvrdé kamene, ktoré sa nazývajú flebolity alebo arteriolity.