Po powstaniu zakrzepicy zmienia się jej struktura pod wpływem działania układu fibrynolitycznego i szoku przepływu krwi oraz regeneracji organizmu.

Istnieją 3 główne typy ostatecznych zmian w skrzeplinie:

1. Zmiękcz, rozpuść, wchłoń

Po utworzeniu skrzepu zawarta w nim fibryna absorbuje dużą ilość plazminy, dzięki czemu fibryna w skrzepie staje się rozpuszczalnym polipeptydem i rozpuszcza się, a skrzep mięknie.Jednocześnie, ponieważ neutrofile w skrzeplinie rozpadają się i uwalniają enzymy proteolityczne, skrzep może również zostać rozpuszczony i zmiękczony.

Mały skrzep rozpuszcza się i upłynnia, po czym może zostać całkowicie wchłonięty lub wypłukany przez krwioobieg bez pozostawiania śladów.

Większa część skrzepliny ulega zmiękczeniu i łatwo odpada pod wpływem przepływu krwi, tworząc zator.Zatory blokują odpowiednie naczynie krwionośne z przepływem krwi, co może powodować zatorowość, podczas gdy pozostała część jest zorganizowana.

2. Mechanizacja i rekanalizacja

Większe skrzepliny nie są łatwe do rozpuszczenia i całkowitego wchłonięcia.Zwykle w ciągu 2–3 dni od powstania skrzepliny z uszkodzonej błony naczyniowej, w miejscu przyczepu skrzepliny, wyrasta tkanka ziarninowa, która stopniowo zastępuje skrzep, co nazywa się organizacją skrzepliny.
Kiedy skrzep jest zorganizowany, skrzeplina kurczy się lub częściowo rozpuszcza i często tworzy się szczelina wewnątrz skrzepliny lub pomiędzy skrzepliną a ścianą naczynia, a powierzchnia jest pokryta proliferującymi komórkami śródbłonka naczyń, a na koniec jedno lub kilka małych naczyń krwionośnych które łączą się z pierwotnym naczyniem krwionośnym.Rekanalizacja przepływu krwi nazywana jest rekanalizacją skrzepliny.

3. Zwapnienie

Niewielka liczba skrzeplin, których nie można całkowicie rozpuścić ani uporządkować, może zostać wytrącona i zwapniona przez sole wapnia, tworząc twarde kamienie występujące w naczyniach krwionośnych, zwane flebolitami lub tętniczkami.