השיטות להעלמת פקקת כוללות תרומבוליזה תרופתית, טיפול התערבותי, ניתוח ושיטות נוספות.מומלץ למטופלים בהנחיית רופא לבחור דרך מתאימה להעלמת פקקת בהתאם לתנאים שלהם, על מנת להשיג אפקט טיפולי טוב יותר.

1. פקקת תרופות: בין אם מדובר בפקקת ורידים או פקקת עורקים, ניתן להשתמש בפקקת תרופתית לטיפול.עם זאת, ישנן דרישות מסוימות לזמן הפקקת, אשר חייבת להיות בשלב מוקדם של הפקקת.פקקת עורקים נדרשת בדרך כלל להיות בתוך 6 שעות מהופעת, וככל שיותר מוקדם יותר טוב, ופקקת ורידים נדרשת להיות תוך 1-2 שבועות מההתחלה.ניתן לבחור תרופות תרומבוליטיות כגון אורוקינאז, סטרפטוקינז רקומביננטי ו-alteplase להזרקה לטיפול תרומבוליטי, וחלק מהחולים יכולים להמיס פקקת ולערוך מחדש את כלי הדם באמצעות תרומבוליזה של התרופה;

2. טיפול התערבותי: במקרה של פקקת עורקים, כגון פקקת בעורקים הכליליים, פקקת כלי דם במוח וכדומה, ניתן להשתמש בהשתלת סטנט על מנת לבצע מחדש את כלי הדם, לשפר את אספקת הדם לרקמת הלב והמוח ולהפחית את היקף הנמק של רקמת הלב והמוח.אם מדובר בפקקת ורידים, כמו פקקת ורידים עמוקים של הגפה התחתונה, ניתן להשתיל מסנן ורידי.השתלת המסנן היא בדרך כלל רק כדי לחסום את סיבוכי התסחיף הריאתי הנגרמים כתוצאה מהשלכת התסחיפים, ואינה יכולה להעלים לחלוטין את הפקקת.הפקקת בווריד האחורי נשאר;

3. טיפול כירורגי: הוא משמש בעיקר לטיפול בפקקת בעורקים היקפיים, כגון פקקת בעורקים בגפיים התחתונות, פקקת בעורקי הצוואר וכו'. פקקת מכלי הדם העורקי, מקלים על חסימת כלי הדם ומחזירים את אספקת הדם לרקמה, שהיא גם שיטה יעילה להעלמת פקקת.