הטיפול בפקקת הוא בדרך כלל שימוש בתרופות אנטי-טרומבוטיות, שיכולות להפעיל דם ולהסיר את קיפאון הדם.לאחר הטיפול, חולי פקקת זקוקים לאימון שיקום.בדרך כלל, הם חייבים לחזק את האימונים לפני שהם יכולים להתאושש בהדרגה.מנוחה ארוכת טווח במיטה יכולה להוביל בקלות להחמרה בבעיית הפקקת.יש צורך מאוד לחזק את הפעילות הגופנית לאחר הטיפול בשל חוסר היכולת לטפל בעצמו בחיים, מרותק למיטה.

מבחינת טיפול, יש כיום שלוש שיטות מיינסטרים.

1. טיפול טרומבוליטי.בשלב מוקדם של פקקת, הפקקת בעורק היא עדיין פקקת טריה.אם ניתן להמיס את הפקקת ולבצע רפרפוזיה של דם, זה יהיה אמצעי בסיסי לשיפור זרימת הדם, הגנה על התאים וקידום התאוששות תפקודית.אם אין התווית נגד לטיפול תרומבוליטי, ככל שהיישום מוקדם יותר, כך ההשפעה טובה יותר.

2, טיפול נוגד קרישה, למרות שרוב המחקרים הראו שטיפול נוגד קרישה בהפרין אינו אופטימי לגבי ההשפעה של איסכמיה מתקדמת, אך האוטם המתקדם הנוכחי הוא אינדיקציה לטיפול חירום נוגד קרישה, שהתקבל על ידי רוב החוקרים.אם נקבע כי הגורמים הגורמים להתקדמות הם אוטם מוגדל ומחזור צדדי לקוי, טיפול בהפרין הוא עדיין הבחירה הראשונה, ושיטות הטיפול הן לרוב טפטוף תוך ורידי או הזרקה תת עורית של הפרין.

3. טיפול בדילול הרחבת נפח, הרחבת נפח הדם צריכה להתבצע כאשר למטופל אין בצקת מוחית ברורה או אי ספיקת לב חמורה.