לאחר היווצרות פקקת, המבנה שלה משתנה תחת פעולת המערכת הפיברינוליטית והלם זרימת הדם והתחדשות הגוף.

ישנם 3 סוגים עיקריים של שינויים סופיים בפקקת:

1. לרכך, להמיס, לספוג

לאחר יצירת הפקקת, הפיברין שבו סופג כמות גדולה של פלסמין, כך שהפיברין בפקקת הופך לפוליפפטיד מסיס ומתמוסס, והפקיק מתרכך.יחד עם זאת, מכיוון שהנויטרופילים בפקקת מתפרקים ומשחררים אנזימים פרוטאוליטיים, ניתן גם להמיס ולרכך את הפקקת.

הטרומבוס הקטן מתמוסס ומתנזל, והוא יכול להיספג לחלוטין או לשטוף בזרם הדם מבלי להשאיר עקבות.

החלק הגדול יותר של הפקקת מתרכך ונופל בקלות על ידי זרימת הדם והופך לתסחיף.התסחיפים חוסמים את כלי הדם המקביל עם זרימת הדם, מה שעלול לגרום לתסחיף, בעוד החלק הנותר מאורגן.

2. מיכון וריענליזציה

פקקים גדולים יותר אינם קלים להמסה ולספיגה מלאה.בדרך כלל, תוך 2 עד 3 ימים לאחר היווצרות הפקקת, רקמת גרנולציה צומחת מהאינטימה של כלי הדם הפגועים שבה מחובר הפקיק, ומחליפה בהדרגה את הפקקת, הנקראת ארגון פקקת.
כאשר הפקקת מאורגנת, הפקקת מתכווצת או מתמוססת חלקית, ולעיתים נוצר סדק בתוך הפקקת או בין הפקקת לדופן כלי הדם, והמשטח מכוסה על ידי תאי אנדותל כלי דם מתרבים, ולבסוף כלי דם קטנים אחד או כמה. נוצרים שמתקשרים עם כלי הדם המקוריים.קנליזציה מחדש של זרימת הדם נקראת כינוי מחדש של הפקקת.

3. הסתיידות

מספר קטן של פקקים שאינם ניתנים להמסה או לארגון מוחלט עלולים להיות משקעים ומסתיידים על ידי מלחי סידן, ויוצרים אבנים קשות הקיימות בכלי הדם, הנקראות פלבוליתים או ארטריוליטים.