Nakon nastanka tromboze dolazi do promjene njene strukture pod djelovanjem fibrinolitičkog sustava i krvotočnog šoka i regeneracije organizma.

Postoje 3 glavne vrste konačnih promjena u trombu:

1. Omekšati, otopiti, upiti

Nakon što nastane tromb, fibrin u njemu apsorbira veliku količinu plazmina, tako da fibrin u trombu postaje topljivi polipeptid i otapa se, a tromb omekšava.U isto vrijeme, budući da se neutrofili u trombu raspadaju i otpuštaju proteolitičke enzime, tromb se također može otopiti i omekšati.

Mali tromb se otapa i pretvara u tekućinu, te ga krvotok može potpuno apsorbirati ili isprati bez ostavljanja traga.

Veći dio tromba omekša i protokom krvi lako otpadne i postane embolus.Emboli začepe protokom krvi odgovarajuću krvnu žilu, što može uzrokovati emboliju, dok se preostali dio organizira.

2. Mehanizacija i rekanalizacija

Veće trombe nije lako otopiti i potpuno apsorbirati.Obično unutar 2 do 3 dana nakon stvaranja tromba iz oštećene vaskularne intime na kojoj se nalazi tromb izraste granulacijsko tkivo koje postupno zamjenjuje tromb, što se naziva organizacija tromba.
Kada se tromb organizira, tromb se smanjuje ili djelomično otapa, a unutar tromba ili između tromba i stijenke žile često nastaje pukotina, a površinu prekrivaju proliferirajuće vaskularne endotelne stanice, a na kraju jedna ili više malih krvnih žila koji komuniciraju s izvornom krvnom žilom nastaju.Rekanalizacija krvotoka naziva se rekanalizacija tromba.

3. Kalcifikacija

Mali broj tromba koji se ne mogu potpuno otopiti ili organizirati može se istaložiti i kalcificirati kalcijevim solima, tvoreći tvrdo kamenje koje postoji u krvnim žilama, zvano fleboliti ili arterioliti.