پس از تشکیل ترومبوز، ساختار آن تحت تأثیر سیستم فیبرینولیتیک و شوک جریان خون و بازسازی بدن تغییر می کند.

3 نوع اصلی تغییر نهایی در ترومبوس وجود دارد:

1. نرم کردن، حل کردن، جذب کردن

پس از تشکیل ترومبوز، فیبرین موجود در آن مقدار زیادی پلاسمین را جذب می کند، به طوری که فیبرین موجود در ترومبوز به پلی پپتید محلول تبدیل می شود و حل می شود و ترومبوز نرم می شود.در عین حال، چون نوتروفیل‌های موجود در ترومبوس متلاشی می‌شوند و آنزیم‌های پروتئولیتیک آزاد می‌کنند، ترومبوز نیز می‌تواند حل و نرم شود.

ترومبوز کوچک حل می شود و مایع می شود و می تواند به طور کامل توسط جریان خون جذب یا شسته شود بدون اینکه اثری از خود باقی بگذارد.

قسمت بزرگ تر ترومبوز نرم می شود و به راحتی در اثر جریان خون می افتد و به آمبولی تبدیل می شود.آمبولی رگ خونی مربوطه را با جریان خون مسدود می کند، که می تواند باعث آمبولی شود، در حالی که قسمت باقی مانده سازماندهی شده است.

2. مکانیزاسیون و کانال سازی مجدد

ترومبوزهای بزرگتر به راحتی حل و جذب نمی شوند.معمولاً در عرض 2 تا 3 روز پس از تشکیل ترومبوز، بافت گرانولاسیون از انتیما عروقی آسیب دیده جایی که ترومبوز متصل است رشد می کند و به تدریج جایگزین ترومبوس می شود که به آن سازمان ترومبوز می گویند.
هنگامی که ترومبوز سازماندهی می شود، ترومبوس منقبض می شود یا تا حدی حل می شود و اغلب یک شکاف در داخل ترومبوز یا بین ترومبوز و دیواره عروق ایجاد می شود و سطح توسط سلول های اندوتلیال عروقی در حال تکثیر و در نهایت یک یا چند رگ خونی کوچک پوشیده می شود. که با رگ اصلی ارتباط برقرار می کنند تشکیل می شوند.کانالیزاسیون مجدد جریان خون را کانالیزاسیون مجدد ترومبوز می گویند.

3. کلسیفیکاسیون

تعداد کمی از ترومب ها که نمی توانند به طور کامل حل یا سازماندهی شوند ممکن است توسط نمک های کلسیم رسوب کرده و کلسیفیه شوند و سنگ های سخت موجود در رگ های خونی به نام فلبولیت یا آرتریولیت را تشکیل دهند.