Αφού σχηματιστεί η θρόμβωση, η δομή της αλλάζει υπό τη δράση του ινωδολυτικού συστήματος και το σοκ της ροής του αίματος και την αναγέννηση του σώματος.

Υπάρχουν 3 κύριοι τύποι τελικών αλλαγών σε έναν θρόμβο:

1. Μαλακώνουν, διαλύονται, απορροφούν

Αφού σχηματιστεί ο θρόμβος, το ινώδες σε αυτό απορροφά μεγάλη ποσότητα πλασμίνης, έτσι ώστε το ινώδες στο θρόμβο να γίνει ένα διαλυτό πολυπεπτίδιο και να διαλύεται και ο θρόμβος να μαλακώσει.Ταυτόχρονα, επειδή τα ουδετερόφιλα στο θρόμβο αποσυντίθενται και απελευθερώνουν πρωτεολυτικά ένζυμα, ο θρόμβος μπορεί επίσης να διαλυθεί και να μαλακώσει.

Ο μικρός θρόμβος διαλύεται και υγροποιείται και μπορεί να απορροφηθεί πλήρως ή να ξεπλυθεί από την κυκλοφορία του αίματος χωρίς να αφήσει ίχνη.

Το μεγαλύτερο μέρος του θρόμβου μαλακώνει και πέφτει εύκολα από τη ροή του αίματος για να γίνει εμβολή.Τα έμβολα εμποδίζουν το αντίστοιχο αιμοφόρο αγγείο με τη ροή του αίματος, κάτι που μπορεί να προκαλέσει εμβολή, ενώ το υπόλοιπο τμήμα είναι οργανωμένο.

2. Μηχανοποίηση και Επανακανονισμός

Οι μεγαλύτεροι θρόμβοι δεν είναι εύκολο να διαλυθούν και να απορροφηθούν πλήρως.Συνήθως, μέσα σε 2 έως 3 ημέρες μετά τον σχηματισμό του θρόμβου, ο κοκκιώδης ιστός αναπτύσσεται από τον κατεστραμμένο αγγειακό έσω χιτώνα όπου είναι προσκολλημένος ο θρόμβος και σταδιακά αντικαθιστά τον θρόμβο, ο οποίος ονομάζεται οργάνωση θρόμβου.
Όταν ο θρόμβος οργανώνεται, ο θρόμβος συρρικνώνεται ή διαλύεται εν μέρει και συχνά σχηματίζεται σχισμή μέσα στον θρόμβο ή μεταξύ του θρόμβου και του αγγειακού τοιχώματος και η επιφάνεια καλύπτεται από πολλαπλασιαζόμενα αγγειακά ενδοθηλιακά κύτταρα και τέλος ένα ή περισσότερα μικρά αιμοφόρα αγγεία που επικοινωνούν με το αρχικό αιμοφόρο αγγείο σχηματίζονται.Η επανασωληνοποίηση της ροής του αίματος ονομάζεται εκ νέου σωληνώσεις του θρόμβου.

3. Ασβεστοποίηση

Ένας μικρός αριθμός θρόμβων που δεν μπορούν να διαλυθούν ή να οργανωθούν πλήρως μπορεί να κατακρημνιστεί και να ασβεστοποιηθεί από άλατα ασβεστίου, σχηματίζοντας σκληρούς λίθους που υπάρχουν στα αιμοφόρα αγγεία, που ονομάζονται φλεβόλιθοι ή αρτηριόλιθοι.