Po vzniku trombózy se působením fibrinolytického systému a prokrvení šokem a regenerací organismu mění její struktura.

Existují 3 hlavní typy konečných změn v trombu:

1. Změkčit, rozpustit, absorbovat

Po vytvoření trombu fibrin v něm absorbuje velké množství plasminu, takže fibrin v trombu se stane rozpustným polypeptidem a rozpustí se a trombus změkne.Současně, protože se neutrofily v trombu rozpadají a uvolňují proteolytické enzymy, může být trombus také rozpuštěn a změkčen.

Malý trombus se rozpouští a zkapalňuje a může být zcela absorbován nebo odplaven krevním řečištěm bez zanechání stopy.

Větší část trombu je změkčena a proudem krve snadno odpadne a stane se embolem.Emboly blokují odpovídající krevní cévu s průtokem krve, což může způsobit embolii, zatímco zbývající část je organizována.

2. Mechanizace a rekanalizace

Větší tromby není snadné úplně rozpustit a vstřebat.Obvykle do 2 až 3 dnů po vytvoření trombu vyroste z poškozené cévní intimy, kde je trombus připojen, granulační tkáň a postupně trombus nahradí, což se nazývá organizace trombu.
Když je trombus organizován, trombus se smrští nebo částečně rozpustí a uvnitř trombu nebo mezi trombem a stěnou cévy se často vytvoří trhlina a povrch je pokryt proliferujícími vaskulárními endoteliálními buňkami a nakonec jednou nebo několika malými krevními cévami které komunikují s původní krevní cévou.Rekanalizace průtoku krve se nazývá rekanalizace trombu.

3. Kalcifikace

Malý počet trombů, které nelze zcela rozpustit nebo uspořádat, se může vysrážet a kalcifikovat vápenatými solemi, čímž se vytvoří tvrdé kameny existující v krevních cévách, nazývané flebolity nebo arteriolity.