بعد تكوّن الخثرة، يتغير هيكلها تحت تأثير نظام تحلل الفيبرين وصدمة تدفق الدم وتجديد الجسم.

هناك ثلاثة أنواع رئيسية من التغييرات النهائية في الخثرة:

1. تليين، تذوب، تمتص

بعد تكوين الخثرة، يمتص الفيبرين الموجود فيها كمية كبيرة من البلازمين، بحيث يصبح الفيبرين الموجود في الخثرة عبارة عن بولي ببتيد قابل للذوبان ويذوب، وتلين الخثرة.في الوقت نفسه، نظرًا لأن العدلات الموجودة في الخثرة تتفكك وتطلق إنزيمات محللة للبروتين، فيمكن أيضًا إذابة الخثرة وتليينها.

تذوب الخثرة الصغيرة وتسيل، ويمكن أن يمتصها مجرى الدم بالكامل أو يغسلها دون أن تترك أي أثر.

يتم تليين الجزء الأكبر من الخثرة ويسقط بسهولة عن طريق تدفق الدم ليصبح صمة.تسد الصمات الأوعية الدموية المقابلة لتدفق الدم، مما قد يسبب الانسداد، بينما يتم تنظيم الجزء المتبقي.

2. الميكنة وإعادة التوجيه

ليس من السهل إذابة الخثرات الدموية الكبيرة وامتصاصها بالكامل.عادة، في غضون يومين إلى ثلاثة أيام بعد تكوين الخثرة، ينمو النسيج الحبيبي من الطبقة الوعائية الداخلية التالفة حيث ترتبط الخثرة، ويحل محل الخثرة تدريجيًا، وهو ما يسمى تنظيم الخثرة.
عندما تنتظم الخثرة، تنكمش الخثرة أو تذوب جزئيًا، وغالبًا ما يتشكل شق داخل الخثرة أو بين الخثرة وجدار الوعاء الدموي، ويتم تغطية السطح بالخلايا البطانية الوعائية المتكاثرة، وأخيرًا واحد أو عدة أوعية دموية صغيرة التي تتواصل مع الأوعية الدموية الأصلية تتشكل.تسمى إعادة استقناء تدفق الدم بإعادة استقناء الخثرة.

3. التكلس

قد يترسب عدد صغير من الخثرات الدموية التي لا يمكن إذابتها أو تنظيمها بشكل كامل بواسطة أملاح الكالسيوم، مما يشكل حصوات صلبة موجودة في الأوعية الدموية، تسمى الوريدات أو الشرايين.